Duży wpływ na czystość wody mają żyjące w niej maleńkie zwierzęta, głównie Zooplankton. Filtrują one wodę, żywiąc się glonami. Na przykład jedna milimetrowej długości rozwielitka (dafnia) filtruje do kilkudziesięciu mililitrów wody w ciągu doby. Wystarczy więc wpuścić do zbiornika 20 dag rozwielitek, by oczyścić go z glonów w ciągu kilku-kilkunastu godzin.
Pamiętajmy jednak, że drobne zwierzęta wodne są przysmakiem lyb. Dlatego do zarybionego jeziorka wpuszczajmy je wieczorem, żeby pod osłoną nocy, gdy ryby prawie nie żerują, zdążyły oczyścić jak największą ilość wody. Rozwielitki można kupić w sklepie zoologicznym, ale – z uwagi na koszty – lepiej latem łowić je gęstą siatką w małych gliniankach lub naturalnych zbiornikach w których nie ma ryb. Możemy przewozić je bez wody, jeżeli nie trwa t dłużej niż godzinę.
Równie pożyteczne są rureczniki (tubifeksy), sprzedawane jako żywy pokarm dla ryb. Żyją na dnie i przepuszczają przez jelito muł zawierający szczątki organiczne. Rureczniki zmieniają skład i strukturę dna, wyjadając bakterie i cząstki organiczne. Wydobywają przy tym głębsze warstwy osadu na powierzchnię i mineralizują go (podobną funkcję spełniają larwy ochotek). Rureczniki również są sprzedawane w sklepach zoologicznych. Ponieważ stanowią doskonały pokarm dla ryb, co pewien czas trzeba dokupić dodatkową porcję.
Do najpopularniejszych i mało wymagających filtratorów żerujących na dnie zaliczają się małże: szczeżuje i racicznice. Najlepiej wyłowić je z rzeki lub jeziora i przenieść do naszego oczka (byle nie do świeżo założonego, gdyż jest tam zbyt mało mułu, którym się żywią). Ilości wody, jakie filtrują te zwierzęta, są imponujące. Powodując ciągły ruch wody w strefie dna, przyczyniają się do szybszego utleniania i mineralizacji osadów, które wówczas mogą być wykorzystane przez rośliny.
Inne drobne zwierzęta wodne wkrótce pojawią się same. Część z nich przyniesiemy wraz z roślinami i zooplanktonem, inne przeniosą ptaki, owady zaś przylecą znad innych zbiorników. Wszystkie przyczyniają się do wytworzenia stanu równowagi w wodzie.